Клиническими базами для прохождения ординатуры служат ведущие лечебно-профилактические учреждения республики и г. Бишкека:

• Национальный центр кардиологии и терапии,
• Национальный госпиталь,
• Национальный центр онкологии,
• Научный центр гематологии,
• Национальный центр фтизиатрии,
• Хирургическая клиника им. академика Ахунбаева И.К.,
• Республиканский центр психического здоровья,
• Республиканский центр дерматовенерологии,
• Республиканская инфекционная клиническая больница,
• Национальный центр охраны материнства и детства,
• Городская детская клиническая больница скорой медицинской помощи,
• Городская клиническая больница №1,
• Городской роддом № 2,
• Аламединская территориальная больница,
• Чуйская областная больница,
• Республиканский диагностический центр,
• Центр реконструктивно-восстановительной хирургии,
• Республиканское бюро судебно-медицинской экспертизы,
• Республиканское патологоанатомическое бюро,
• Городской перинатальный центр,
• Клиника профессора Г.У. Асымбековой,
• Городская гинекологическая больница,
• Бишкекский научно-исследовательский центр травматологии и ортопедии,
• Научный центр урологии и андрологии,
• ОсОО «Стоматология» и др.