К настоящему времени приказами Министерств образования и науки России и Кыргызстана открыто 39 программ ординатуры:
- хирургия
- семейная медицина
- терапия
- акушерство и гинекология
- дерматовенерология
- психиатрия
- кардиология
- инфекционные болезни
- онкология
- оториноларингология
- неврология
- клиническая фармакология
- фтизиатрия
- травматология и ортопедия
- офтальмология
- функциональная диагностика
- педиатрия
- детская хирургия
- анестезиология и реаниматология
- рентгенология
- судебная медицина
- нейрохирургия
- сердечно-сосудистая хирургия
- неонатология
- патологическая анатомия
- урология
- гематология
- колопроктология
- торакальная хирургия
- пульмонология
- детская онкология
- эндокринология
- стоматология
- физиотерапия
- нефрология
- челюстно-лицевая хирургия
- организация здравоохранения и общественное здоровье
- пластическая хирургия
- рентгено-ангиохирургия
